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Ce stage est consacré en très grande partie à l’indexation
des polymères dans les fichiers CAPLUS et REGISTRY. Seront étudiés
les outils disponibles pour retrouver les polymères (leurs n°
CAS) dans REGISTRY et la complémentarité avec des recherches
textuelles dans CAPLUS.
La recherche structurale sera aussi abordée.
Par ailleurs la banque de données RAPRA sera décrite en
détail (thésaurus, classification…).
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Trois banques de données de réactions chimiques sont disponibles
: CASREACT, CHEMINFORMRX et DJSMDS. Les outils de recherche spécifiques
mais surtout communs à ces trois fichiers sont étudiés
:
recherche à l’aide d’indicateurs de rôle,
recherche par groupes fonctionnels,
recherche structurale (définition des sites réactionnels).
La recherche de réactions dans BEILSTEIN est aussi abordée.
Des exemples de recherches simples mais aussi avancées illustrent
l’utilisation de ces différentes techniques.
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Les séquences de protéines et d’acides nucléiques
sont interrogeables dans trois banques de données : REGISTRY,
DERWENT GENESEQ (DGENE), PCTGEN et USGENE.
Au cours de ce stage, sont décrits les contenus respectifs de
chacune de ces banques de données et les différents types
de recherche offerts : exacte, sous-séquence, recherche par similarité
(Blast, Fasta)...
L’assistant de recherche séquence disponible via STN ON
THE WEB est amplement détaillé, ainsi que la fonction
« BLAST report » de STN Express.
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Retrouver un numéro de registre CAS, puis ses propriétés
physicochimiques, c’est sûrement un problème auquel
vous avez été confrontés. STN peut vous apporter
la solution.
Au cours de ce stage, vous seront présentés en premier lieu
les différents moyens de retrouver le numéro CAS d’une
substance à partir d’éléments de la nomenclature
(formule brute, fragments de noms…) puis les techniques d’interrogation
propres à la recherche de propriétés, soit directement
dans REGISTRY mais aussi dans les banques de données factuelles
telles que BEILSTEIN, RTECS….
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